本法は、酵素結合抗体を用いた液状抗原の検出、すなわち酵素結合抗体法（ Enzyme Linked Immunosorbent Assay：ＥＬＩＳＡ）によるものである。
直接法では最初のインキュベーションでプレーの壁に目的のウイルスの抗体を固相化するのに対し、間接法では最初のインキュベーションでプレーの壁に、検体の粗汁液中に含まれるたんぱくを固層化する。
次に目的ウイルスの抗体を注入し反応させる。固相化された、たんぱく中に合致するウイルスが存在すると抗体と結合する。さらにアルカリホスファターゼ（ＡＰ）を標識したウサギに対するヤギ抗体を加え、先に固相化したウイルスに結合している抗体と結合させる。抗体はウサギに免疫し、作成されたものなのでウサギに対するヤギの抗体にも反応する。抗体がマウスより作成されたものならばこの反応はない。
遊離のＡＰ標識抗体は洗浄して除去するので、残存のＡＰの量は検体中の目的ウイルス量に相当する。そこでＡＰの基質（ｐ-ﾆﾄﾛﾌｪﾆﾙﾘﾝ酸）溶液を加えると ｐ-ﾆﾄﾛﾌｪﾉｰﾙ
が遊離するので一定時間反応させた後、色の強度を４０５ｎｍで測定する。目的のウイルスの量が多ければｐ-
ﾆﾄﾛﾌｪﾉｰﾙが多く遊離し発色が強くなる。